L'isola dell'Asinara è la propaggine nord-occidentale della Sardegna di fronte al promontorio di Capofalcone, da questo separato dall'isola piana. Il canale che separa l'Asinara dall'isola Piana è particolarmente a basso fondale con una batimetria di circa 5 mt.
L'Asinara si sviluppa con forma assai irregolare su un territorio di 51.5 Kmq con una lunghezza di poco più di 18 km. ed una larghezza estremamente variabile. Se infatti nella parte nord la larghezza arriva a 7 km, nella parte centrale si trova un istmo di soli 290 m. di larghezza.

E' per estensione la seconda isola della Sardegna dopo S. Antioco. La superficie è collinare, ma senza picchi di particolare altezza; la punta più alta è la Punta della Scomunica di 408 m.
Dal punto di vista morfologico è caratterizzata da superfice rocciosa, ricoperta di vegetazione prevalentemente sviluppata a macchia; è praticamente priva di alberi, a parte un bosco di lecci che si trova in località Elighe Mannu nella parte settentrionale dell'isola; altrove le uniche piante a fusto che si possono trovare sono i ginepri fenici.

La struttura geolitologica dell’Asinara in massima parte è costituita da rocce metamorfiche e affioramenti granitici del tutto simile a quella del promontorio di Capo falcone con il quale costituiva un'unica penisola sino al periodo dell'Olocene (ultima epoca del Quaternario che possiamo datare sino all' 8.000 a.c. circa. In questa epoca la deglaciazione favorì la risalita del livello delle acque sino a 120 mt. in più determinando di fatto la separazione dalla terra ferma di alcune propaggini tra cui l'attuale isola dell'Asinara.

I due versanti, occidentale ed orientale, dell'isola presentano una marcata differenza. Il versante occidentale infatti è caratterizzato da pendii ripidi che sprofondano nella parte immersa dove il fondo marini è costituito da falesie con canaloni che sprofondano rapidamente fino a 50 mt. Viceversa il versante orientale decliva dolcemente fino ad arrivare progressivamente ad una profondità anch'esso di 50 mt. Il fondale marino del lato orientale si presenta principalmente sabbioso e presenta anche alcune spiagge come quelle di Fornelli, Sant’Andrea, Cala Reale, Trabuccato, Cala Sabina e Cala d'Arena.

La forma dell'isola presenta una parte meridionale dalla forma vagamente a pera collegata con un istmo ad un budello centrale che corre trasversalmente (s/o - n/e) per circa 8 km. e si collega alla parte settentrionale più ampia e di forma quasi pentagonale.
Nella parte settentrionale, come detto, c'è il rilievo più alto di Punta della Scomunica (408 mt), mentre scendendo troviamo la Punta Marcutza (195 mt), la Punta Tumbarino (241 mt), Punta Romasino (215 mt) e Guardia del Turco (128 mt). Questa parte centrale è collegata a quella meridionale attraverso l'istmo di 290 m. di larghezza delimitato dalle due calette, Cala Scombro di Dentro (o Sgombro) e Cala Scombro di Fuori.
Nella parte meridionale si trova il rilievo di Punta Maestra Fornelli (265 msm) costituito da scisti grigi identici a quelli di Stintino.

Esistono anche degli stagni vicino al litorale di Fornelli, a Cala Sant’Andrea e a Cala Arena.