Vi son alcune evidenze che permettono di datare la prima presenza umana sul territorio dell'isola dell'Asinara in età preistorica, nel periodo Neolitico.
La principale testimonianza di questa presenza è una domus de janas (letteralmente case delle fate o delle streghe) scavata nella roccia calcarea a nord dell'ex-diramazione carceraria di Campu Perdu, in corrispondenza di un piccolo vigneto omonimo, poco distante da Cala Reale. La maggior parte degli studiosi concorda nell'attribuzione di queste grotte scavate nella roccia al periodo attorno al 4000 a.c. Lo scopo delle domus de janas non è certissimo, ma si suppone che fossero tombe, meno probabilmente abitazioni.

Una testimonianza della presenza umana sull'Asinara in periodo Nuragico, quindi successivo al Neolitico, è data da un bronzetto raffigurante un bovino, il cosiddetto "Bue stante" che pare sia stato ritrovato sull’Asinara e che ora è esposto all’Antiquarium Turritano di Porto Torres. Per altro questo bronzetto è l'unica testimonianza relativa al periodo nuragico ed inoltre la sua esatta provenienza è ancora incerta. Non vi sono infatti nuraghi sull'isola dell'Asinara.
Lasciando la storia o comunque i tentativi di ricostruzione su base scientifica della presenza umana sull'isola in ere così lontane, si può anche fare un cenno sulla leggenda che vuole che nel 2280 a.C. Ercole accettasse di diventare il Re delle popolazioni di Sardegna dando di conseguenza il proprio nome alle località dedicate al suo culto. Secondo questa leggenda fu questa l'origine del nome di Herculis Insula per l'Asinara, che la tradizione ha tramandato sino ai tempi nostri.